Sito Dottorato
BIOINFORMATICA
Il corso avanzato di BIOINFORMATICA è stato anche
finanziato dal CIB ed ho coinvolto i dottorati di
Biochimica di Pavia e di Genova:
L’organizzazione e la docenza del corso proposto sarà a
cura di Ferdinando Di Cunto e Paolo Provero
Modulo 1: Utilizzo avanzato delle risorse bioinformatiche
di base
Principali banche dati bioinformatiche
• GeneBank
• Entrez-Gene
• Unigene
• Gene Expression Omnibus
Utilizzo avanzato dei programmi di allineamento di coppie di sequenze:
• Dot Plot
• Algoritmo di Smith-Waterman
• Algoritmo di Niedelman-Wunsh
• BLAST e sue varianti
Modulo 2: Browsers genomici
• Utilizzo del Golden Path (Browser UCSC) per analisi su singolo gene
- Analisi della struttura genica
- Analisi di sequenze conservate
- Definizione regioni di controllo
- Analisi di polimorfismi
- Progettazione di esperimenti di gene targeting
• Utilizzo del Browser Ensembl per l’analisi di geni multipli
Modulo 3: Analisi si vasta scala dell’espressione genica
• Scaricamento e processamento di meta-serie di dati di espressione
- Microarray di cDNA (Stanford Microarray Database)
- Microarray Affymetris (Gene Expression Omnibus)
- Dati di EST (Unigene)
- Dati SAGE (Gene Expression Omnibus)
• Analisi di coespressione su singole specie
• Analisi di coespressione filogeneticamente conservata
Ferdinando Di Cunto (ferdinando.dicunto@unito.it)
Paolo Provero (paolo.provero@unito.it).