Corsi
Dottorato

Author: Gianpiero Pescarmona
Date: 04/03/2008

Description

Sito Dottorato

BIOINFORMATICA

Il corso avanzato di BIOINFORMATICA è stato anche
finanziato dal CIB ed ho coinvolto i dottorati di
Biochimica di Pavia e di Genova:

L’organizzazione e la docenza del corso proposto sarà a
cura di Ferdinando Di Cunto e Paolo Provero
Modulo 1: Utilizzo avanzato delle risorse bioinformatiche
di base

Principali banche dati bioinformatiche

• GeneBank
• Entrez-Gene
• Unigene
• Gene Expression Omnibus

Utilizzo avanzato dei programmi di allineamento di coppie di sequenze:

• Dot Plot
• Algoritmo di Smith-Waterman
• Algoritmo di Niedelman-Wunsh
BLAST e sue varianti

Modulo 2: Browsers genomici

• Utilizzo del Golden Path (Browser UCSC) per analisi su singolo gene

- Analisi della struttura genica
- Analisi di sequenze conservate
- Definizione regioni di controllo
- Analisi di polimorfismi
- Progettazione di esperimenti di gene targeting

• Utilizzo del Browser Ensembl per l’analisi di geni multipli

Modulo 3: Analisi si vasta scala dell’espressione genica

• Scaricamento e processamento di meta-serie di dati di espressione

- Microarray di cDNA (Stanford Microarray Database)
- Microarray Affymetris (Gene Expression Omnibus)
- Dati di EST (Unigene)
- Dati SAGE (Gene Expression Omnibus)
• Analisi di coespressione su singole specie
• Analisi di coespressione filogeneticamente conservata

Ferdinando Di Cunto (ferdinando.dicunto@unito.it)

Paolo Provero (paolo.provero@unito.it).

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