Per trovare quali antigeni proteici (se abbiamo una reazione crociata con i lipopolisaccaridi della capsula non saprei cosa fare) umani cross-reagiscono con i batteri io di solito vado su Uniprot seleziono la proteina in oggetto e la importo. Poi utilizzo la funzione BLASTP paragonando la sequenza ad es della fibronectina con il database delle proteine del batterio in esame. Tutte le sequenze di almeno 4 AA identiche tra i due possono essere colpevoli della MM.
Se la proteina ha solo una parte extracellulare io creo una proteina nuova in cui copio la sequenza extracellulare nella proteina nuova e poi uso questa per cercare la mimicry.
BLASTP at NIH
BLASTP at Uniprot
