Molecular Mimicry
Immune System

Author: Gianpiero Pescarmona
Date: 07/03/2012

Description

Per trovare quali antigeni proteici (se abbiamo una reazione crociata con i lipopolisaccaridi della capsula non saprei cosa fare ) umani cross-reagiscono con i batteri io di solito vado su
Workbench ( vedi come si fa) seleziono la proteina in oggetto e la importo. Poi utilizzo la funzione BLASTP paragonando la sequenza ad es della fibronectina con il database delle proteine del batterio in esame. Tutte le sequenze di almeno 4 AA identiche tra i due possono essere colpevoli della MM.
Se la proteina ha solo una parte extracellulare io creo una proteina nuova in cui copio la sequenza extracellulare nella proteina nuova e poi uso questa per cercare la mimicry.

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