Protein Aminoacids Percentage
Molecular Biology Tools

Author: monica mangioni
Date: 16/11/2007

Description

Automatico (con codice Uniprot)

accesso al software

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Manuale (con proteine non Uniprot)

Ecco illustrato un sistema rapido per calcolare la percentuale di aminoacidi di una proteina utilizzando il sito gratuito: WorkBench
Per accedere al sito e’ necessario registrarsi inserendo nome, cognome ed un indirizzo e-mail:

1. http://workbench.sdsc.edu/

2. cliccare su: Click to Enter the Biology Workbench 3.2

3. si apre la seguente schermata. Cliccare su Protein tools in fondo alla pagina:

p=.


4. si seleziona: Ndjinn – Multiple Database Search e si clicca Run

5. Nello spazio bianco inserire il nome della proteina di interesse, per esempio VDR

Quindi, dall’elenco, selezionare i motori di ricerca utilizzati, come segnato di seguito:

Quindi, nella sezione Genomes, scegliere il genoma di interesse, ad esempio H_sapiens se si ricerca una proteina umana.

A questo punto si puo’ tornare all’inizio della pagina e scegliere Search:

6. Dopo qualche secondo di attesa compare l’elenco dei risultati, 10 alla volta.

7. selezionare quello/i di interesse e ciccare su Import Sequence(s):

8. Si aprira’ cosi’ una pagina personale che elenca tutte le sequenze raccolte.

9. Selezionare quella desiderata, scegliere AASTATS - Statistics Based on Amino Acid Abundance, including weight and specific volume e cliccare Run:

10. Nella nuova pagina AASTATS compare la seguente tabella sulla sequenza selezionata:

11. Selezionare tutta la tabella, copiarla ed incollarla sul file word: aa_modello.doc

12. Quindi selezionare la colonna che riporta la percentuale molare ( mol% ) di ciascun aminoacido della proteina di interesse (la colonna e' quella in blu nella tabella sopra riportata). Per selezionare la colonna ciccare Alt insieme al cursore.

13. Copiare la colonna e, dopo aver sostituito i punti con virgole, incollarla sull’apposito foglio excel aa_modello_AASTAT.xls (copiare solo nelle colonne di sinistra, quelle di destra contengono delle formule e non vanno toccate) :

E’ ora possibile costruire un grafico di rapida interpretazione:

Per semplicita’ il lavoro e’ stato mostrato su una sola proteina, ma e’ possibile analizzarne 2 o piu’ per poterle confrontare.

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